Para llevar a cabo su Política Medioambiental, AENA ha impulsado la implantación de Sistemas de Gestión Medioambiental (SGMA) en todos sus aeropuertos e instalaciones. El SGMA permite conocer las características del entorno natural del aeropuerto, cuáles son las actividades derivadas del transporte y la navegación aérea que influyen en su conservación, estudiar su impacto y plantear las soluciones para reducir las repercusiones negativas en un proceso de continua mejora. Amortiguar la contaminación acústica, disminuir las emisiones atmosféricas, asegurar la calidad de las aguas y el tratamiento y reciclado de residuos, conservar los ecosistemas y aprovechar los recursos energéticos, son algunos de los efectos de esta medida.

Todos los sistemas de Gestión Medioambiental se acomodan a los requisitos fijados por la norma internacional ISO 14.001, que certifica la aplicación correcta del SGMA y el cumplimiento de la legislación existente en materia medioambiental.

La eficacia de un Sistema de Gestión Medioambiental depende del compromiso y la participación de todos. Por este motivo, AENA emprende campañas de formación y sensibilización para involucrar al personal del aeropuerto, a las empresas que desarrollan en él sus actividades y a los propios usuarios en el respeto de la naturaleza.

El aeropuerto de Barcelona fue en julio de 1999, el primero en implantar un Sistema de Gestión Medioambiental. En la actualidad son ya doce los aeropuertos españoles que cuentan con un SGMA certificado según la norma ISO 14.001:

Antes del fin de 2002 está prevista la normalización de un SGMA en los aeropuertos de Palma de Mallorca, Asturias, Málaga y Santiago de Compostela y, a lo largo de 2003, la implantación de este modelo se extenderá a las instalaciones de Gran Canaria, Tenerife Norte, Bilbao y Alicante. En el resto de los aeropuertos se está elaborando el diagnóstico medioambiental previo.