Durante 2000 Aena impulsó la implantación de Sistemas de Gestión Medioambiental en todos sus aeropuertos. El de Madrid/Barajas obtuvo esta certificación en mayo y se inició el proceso de desarrollo en los aeropuertos de A Coruña, Asturias, Fuerteventura, Granada, Ibiza, Lanzarote, La Palma, Málaga, Menorca, Palma de Mallorca, Santiago de Compostela, Sevilla, Tenerife Sur, Valencia y Vitoria y en el centro de control de Torrejón adscrito a la Región Centro/Norte.

En el área de ecosistemas comenzaron los trabajos para elaborar un plan de control de fauna en todos los aeropuertos y se realizaron estudios de conservación de vegetación y fauna en los de San Sebastián, Cuatro Vientos (Madrid), Madrid/Barajas y Santander. En Pamplona se analizó la amenaza para la navegación aérea de la presencia de buitres en el recinto aeroportuario.

En colaboración con la Universidad Politécnica de Madrid, Aena comprobó la correcta adaptación del INM a las condiciones de los aeropuertos. El INM es una herramienta informática que permite estudiar el impacto acústico de los recintos aeroportuarios en las poblaciones cercanas para adoptar medidas preventivas y minimizar sus efectos. En el año 2000 se actualizaron las zonas afectadas por el impacto acústico en los aeropuertos de Alicante, Asturias, A Coruña, Bilbao, Lanzarote, La Palma, Málaga, Menorca, Reus, Sabadell, Tenerife Norte, Vigo, Vitoria y Zaragoza. Se realizaron también medidas experimentales en las poblaciones cercanas a los aeropuertos de Málaga, Ibiza y Zaragoza.

En esta línea, en Madrid/Barajas se emprendió un Plan de Aislamiento Acústico que incluyó la insonorización de 3.272 viviendas en los municipios de Madrid, Mejorada del Campo y San Fernando de Henares. Otras actuaciones fueron el aumento de la altura de sobrevuelo en las poblaciones del norte del aeropuerto, estudios para la instalación de la ayuda de navegación aérea VOR/DME en la prolongación dela cabecera de la pista 18R, la construcción de pantallas acústicas en las proximidades del Dique Sur, restricciones operativas entre las 24:00 y las 06:00 horas, el acarreo de aeronaves en horario nocturno y la prohibición del uso de la reversa en las operaciones de aterrizaje y del uso de unidades auxiliares de potencia durante la noche en la zona del dique sur.

Entre los proyectos destinados a mejorar la eficiencia energética y promover las energías renovables y en el marco del proyecto europeo Green Light, Aena llevó a cabo la renovación del sistema de iluminación del Terminal 1 del Aeropuerto de Madrid/Barajas que permitió una reducción de los niveles de CO2 y un ahorro anual de energía de 1.260.000 kw. Se puso en marcha, también, una instalación de energía solar térmica en el aeropuerto de Palma de Mallorca con 410 m2 de paneles solares. En La Palma se adjudicó el proyecto de una nueva central eléctrica equipada con dos aerogeneradores de 660 kw, que producirán 3.000 mw/h. al año y se terminó el estudio de integración arquitectónica de la Nueva Área Terminal, mediante el empleo de arquitectura bioclimática, técnicas de refrigeración con techos fríos, energía fotovoltaica y refrigeración por absorción solar.

En el apartado de la comunicación e imagen pública, Aena ha patrocinado el V Congreso Nacional de Medio Ambiente celebrado en Madrid. Se han realizado también reportajes sobre la estación depuradora de aguas residuales de macrofitas, la cetrería y la implantación del Sistema de Gestión Medioambiental en el aeropuerto de Madrid/Barajas. En este aeropuerto se instaló la Casa Expo Ambiente donde el público puede recibir información exhaustiva de las actuaciones medioambientales de Aena.